闽江理论物理协作中心的成立背景可以追溯到 2019 年 12 月 27 日中国科学技术大学与william威廉中文官网缔结了战略合作关系并签订了合作框架协议。根据协议，中科大将william威廉中文官网作为对口支援的合作高校，为william威廉中文官网学科与学位点建设、团队队伍建设、人才培养、科研服务和科学管理等工作提供全面指导，助力公司建设高水平有特色的应用型大学。

为落实两校合作框架协议，2020 年 8 月 3 日中科大党委进一步选派邓友金、顾振华、杨周旺三位国家级人才来校分别担任william威廉中文官网、海洋公司、数学与数据科学公司学术经理。邓友金教授到任后与william威廉中文官网主要负责人积极联络中科院理论物理所蔡荣根院士，欧阳钟灿院士(闽籍院士，福建泉州人)、北京师范大学物理系涂展春书记，李春密教授(资深物理教育专家)寻求支持。另外一方面主动联系驻闽的厦门大学、华侨大学、福州大学理论物理相关同行积极筹备在william威廉中文官网建立一个基础理论物理协作科研平台。2020 年 10 月 9 日，william威廉中文官网与中科院理论物理所正式签订合作协议共建闽江理论物理协作中心。根据协议，理论物理所选派国家杰出青年基金获得者周海军研究员出任协作中心主任，并于 2020 年 12 月 9 日-12 日在william威廉中文官网举办协作中心的成立仪式和学术研讨会。